SysMics (Towards Systems medicine based on multi-oMics) labellisé Labex en décembre 2024 dans le cadre de l'appel à projet de l'I-SITE NExT est une initiative transdisciplinaire à l’interface entre la Biologie & Santé et les Sciences du Numérique, structurée autour de 4 axes complémentaires :
  • Implanter et consolider les méthodes et technologies avancées pour le criblage à grande échelle des données -omiques;
  • Organiser des infrastructures interopérables pour le partage sécurisé de données de recherche en santé, suivant les recommandations internationales pour la science ouverte ;
  • Développer de nouveaux modèles computationnels pour l’intégration et l'interprétation de données multi-omiques ;
  • Créer des démonstrateurs pour l’intégration de données (longitudinales) multi-échelles.

Laboratoires impliqués :

Le Labex SysMics fédère 11 laboratoires de recherche en biologie, chimie, informatique et santé au sein de Nantes Université :

  • Laboratoire de l’institut du thorax - ITX-lab
  • Centre de Recherche en Cancérologie et Immunologie Intégrée Nantes Angers - CRCI²NA
  • Center for Research in Transplantation and Translational Immunology - CR2TI
  • Regenerative Medicine and Skeleton - RMeS
  • The Enteric Nervous System in gut and brain disorders - TENS
  • Unité Mixte de Recherche Physiopathologie des Adaptations Nutritionnelles - PhAN
  • Translational Research in Gene Therapy - TaRGeT
  • Laboratoire de recherche en Chimie Moléculaire - CEISAM
  • Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes - LS2N
  • Structure Fédérative de Recherche Bonamy - SFR Bonamy (dont BioCore)
  • Centre d'investigation clinique (CIC) - CIC@CHU de Nantes

Contacts


Richard REDON
Responsable du Labex SysMics

Raluca TEUSAN
Déléguée générale du Labex SysMics

Actualités à la une

Agenda

  • Mars 2025 : ouverture du premier AAP SysMics : Master/doctorat 2025-2026
  • Avril 2025 : début officiel du Labex SysMics
  • Avril-mai 2025 : inauguration/présentation du Labex à la communauté NExT
  • 6 Octobre 2025 : Kickoff SysMics
  • Septembre 2025 : ouverture de l'AAP Junior Post-doc Fellowship

Grâce à des approches holistiques basées sur l’intégration de données multi-omiques (génomique, transcriptomique, métabolomique, etc), SysMics cherche à comprendre les mécanismes biologiques et moléculaires à l’origine des pathologies humaines afin de construire des modèles numériques pour prédire leur progression et de proposer des approches médicales innovantes pour mieux les soigner. En fédérant les forces au sein de Nantes Université autour de l'intégration de données multi-omiques, SysMics vise à accélérer le transfert d’approches en biologie des systèmes vers la pratique médicale, afin de :

  • Modéliser les trajectoires des maladies par des approches en mathématiques et intelligence artificielle, pour améliorer la production de jumeaux numériques
  • Développer des outils de diagnostic in silico basés sur des données ouvertes et des algorithmes open-source
  • Découvrir de nouveaux biomarqueurs et cibles thérapeutiques, pour accélérer le développement de médicaments
  • Concevoir des outils d'aide à la décision basés sur la prédiction du risque de maladie, pour promouvoir des essais cliniques innovants en médecine de précision.

Le Labex SysMics vise à relever ces défis pour développer de nouvelles approches de la médecine systémique. Nos principaux objectifs sont les suivants :

  • Mettre en synergie de nos programmes de recherche multi-omique appliqués aux maladies cardiovasculaires, aux troubles de l'immunité, à la biologie du développement et au cancer;
  • Construire des modèles prédictifs de l’évolution des maladies basés sur l'intégration des données multi-omiques ;
  • Développer une formation internationale en biologie des systèmes au sein de l'École doctorale des sciences et technologies de la santé de l'Université de Nantes ;
  • Promouvoir des approches multi-omiques dans la recherche translationnelle et la pratique clinique dans le cadre d'une approche de médecine de précision.

SysMics représente une opportunité unique de construire un écosystème biomédical attractif en combinant biologie computationnelle, bioinformatique, recherche clinique et de positionner Nantes Université comme un leader en médecine systémique et santé numérique.

Le Labex SysMics s’inscrit dans la continuité des travaux réalisés par le Cluster NExT du même nom entre 2018 et 2024. Le Cluster SysMics a en effet réussi à fédérer la communauté scientifique nantaise en génomique et bioinformatique autour d’un objectif commun : anticiper l’émergence de la médecine systémique, une approche holistique de la médecine basée sur l’intégration de données cliniques et biologiques massives.

Le Cluster a en particulier promu le développement et le partage d’infrastructures clés comme une plateforme de séquençage massif (GenoA), un Hub de bioinformatique (BiRD) et un entrepôt de données cliniques. En s’appuyant sur GenoA et BiRD, il a offert à la communauté NExT les ressources pour acquérir, tester, développer et appliquer des technologies de pointe en matière de génotypage par séquençage, de séquençage en cellule unique et d’analyse de microbiome. Le Cluster a ainsi accompagné des projets pilotes innovants en immunologie, onco-hématologie et physiopathologie de maladies cardiovasculaires, métaboliques et liées au développement.

Le Labex SysMics bénéficie d'un financement de l’I-site NExT et de l’Etat géré par l’Agence Nationale de la Recherche, au titre du Programme France 2030 (portant la référence ANR-16-IDEX-0007).
Mis à jour le 24 juillet 2025.