Cécile BRUN

Personnel de l'université

Cécile BRUN

Maître de Conférences en Botanique, Systématique, Écologie végétale et Paléoécologie

Coordonnées

Université de Nantes Département de Biologie et UMR 5602 - GEODE 5, Allées A. Machado F-31058 Toulouse Cedex 9

Mail
Cecile.Brun@univ-nantes.fr

Discipline(s) enseignée(s)

Botanique et systématique - Ecologie générale et écologie des communautés - Phytogéographie - Anthropisation des écosystèmes - Paléoenvironnement – Palynologie

Enseignement à l'université de Nantes

Depuis 2017, j’interviens essentiellement en Licence SVT dans les parcours de L2 et L3 Biologie Ecologie (BE) et Biologie, Géologie, Environnement (BGE) ; ainsi que dans le master Sciences de la Terre et des Planètes, Environnement (STPE) dans les parcours Cartographie et Gestion de l’Environnement (CGE) et Ecosystème et Bioproduction Marine (EBM).

En licence, j'interviens en botanique, systématique et diversité végétale, ainsi qu’en écologie végétale, phytogéographie, paléoécologie et paléoenvironnement en CM, TD, TP et dans le cadre de sorties sur le terrain. Les enseignements en M1 et M2 me permettent d'aborder des sujets plus pointus en rapport avec mes activités recherches : anthropisation des écosystèmes et biodiversité, histoire de l'agriculture, palynologie du quaternaire, études d'impacts...


Modules en L2 SVT parcours BE et BGE

  • « Systématique végétale » (TP) : présentation des différents clades de végétaux des algues aux angiospermes ainsi que des champignons et des lichens
  • « Diversité Biologique végétale à travers l'évolution » (TP) : diversité des niveaux d’organisation (anatomie, morphologie) et des cycles de reproduction des organismes photosynthétiques. Etude des algues, acrogymnospermes, différentes familles d’Angiospermes, réalisation d’un herbier de 50 espèces
  • « Démarche et communication scientifique » (TP) : soutenance orale des présentations d’articles scientifiques réalisés par les étudiants


Modules en L3 SVT parcours BE

  • « Taxonomie » (TP) : conduite de diagnoses d'espèces végétales à l'aide de clés de détermination. J’ai créé un TP de diagnose basé sur la morphologie pollinique des Angiospermes (évolution du type apertural en lien avec la classification phylogénétique)
  • « Stage de terrain en biologie » (TP) : je suis responsable de la partie étude de la végétation du stage de terrain d’une semaine à la station biologique de Paimpont (Bretagne) : reconnaissance botanique (utilisation de flores), relevés de végétation (dans les landes, en prairie hygrophile), sorties en forêt, analyse de données et rédaction d’un rapport
  • « Stage SVT BE » (TD) : stage d’un mois obligatoire pour les L3 BE. Je suis la tutrice d’une dizaine d’étudiant.e.s chaque année sur des sujets ayant trait au « monde végétal » et je coordonne la réalisation des sujets bibliographiques sur ces mêmes thématiques pour les étudiants sans stage. Corrections de mémoire et soutenance
  • Module « Ecologie des communautés » (responsable de l’UE) : Communautés, écosystèmes, niches écologiques, successions, phytogéographie et biomes, notions de services écosystémiques. Les 2 TD, construits pour illustrer les notions vues en CM, portent sur : une étude de la colonisation d'une île vierge, l’île de Surtsey (Islande) et la réalisation d’une analyse d'articles d'actualité en écologie végétale. Les TP se font sous la forme d’une sortie terrain au lac de Grand-Lieu suivie de séances en salle pour analyser le matériel collecté


Modules en L3 SVT parcours BE et BGE

  • « Biodiversité » (CM) : réponses/remédiations à la chute de la biodiversité actuelle (prise de conscience de la chute de la biodiversité, protéger et conserver les espaces et les espèces, la restauration - l'ingénierie écologique)
  • « Stratégies adaptatives des organismes » (TD) : dans ce module thématique et transversal, je participe à l’étude de l’adaptation des organismes aux variations d’altitude et aux contraintes abiotiques par la réalisation de TDs portant sur les stratégies de passage de la mauvaise saison chez les végétaux, la végétation méditerranéenne
  • « Ecologie des communautés » - responsable de l’UE (CM, TD, TP) : communautés, écosystèmes, niches écologiques, successions, phytogéographie et biomes, notions de services écosystémiques. Les 2 TD, construits pour illustrer les notions vues en CM, portent sur une étude de la colonisation d'une île vierge (île de Surtsey, Islande) et la réalisation d’une analyse d'articles d'actualité en écologie végétale. Les TP sont réalisés sous la forme d’une sortie terrain au lac de Grand-Lieu, que j’organise, suivie de séances en salle pour analyser le matériel collecté (détermination d’espèces…)


Modules en M1 STPE parcours CGE et EBM

  • « Anthropisation de l’environnement » - co-responsable de l’UE (CM, TD) : étude des anthroposystèmes et compréhension de la relation entre les sociétés humaines et l’environnement depuis le Néolithique par le biais des impacts sur la biodiversité
  • « Mesures environnementales et études d’impact » (CM, TD, TP) : études d’impacts, législation, méthodologie, présentation de cas d’étude (le projet d’aéroport de Notre-Dame des Landes) et mise en pratique des connaissances acquises (examen au cas par cas)


Modules en M2 STPE parcours CGE

  • « Formations végétales du Quaternaire » - responsable de l’UE (CM, TP) : coordination du module, intervention de professionnels sur l’étude de la végétation actuelle (du Conservatoire National Botanique, CBN). J’y enseigne, pour ma part, les cycles climatiques pléistocènes et leurs impacts sur la biodiversité forestière en Europe, ainsi que la dynamique postglaciaire forestière à l'Holocène en Europe : rencontre entre paléobotanique et phylogéographie (étude génétique des lignées)

Thèmes de recherche

  • Comprendre les changements des agro-écosystèmes sur le temps long (biodiversité, fonctionnement, pratiques culturales)
  • Étude de l’évolution des relations hommes/milieux et des paysages anthropisés par le biais des espèces végétales introduites du Néolithique à nos jours
  • Interactions homme/milieu dans les contextes forestiers montagnards, miniers et métallurgiques en Europe

Modalités et diffusion des pratiques agricoles en France et en Europe depuis le Néolithique et évolution de la biodiversité de la flore adventices des cultures sur le temps long 

Les cortèges d'adventices se modifient en fonction de la qualité des sols et des perturbations dont ils font l'objet. Ces cortèges ont constamment évolué au cours du temps sous l’effet de l’évolution des pratiques agricoles et à cause de l’introduction répétées de nouvelles espèces végétales. Ces plantes possèdent des « attributs fonctionnels » ou « traits de vie », c'est-à-dire des particularités morphologiques, physiologiques ou phénologiques qui les rendent aptes à s'adapter aux interventions répétées de l'homme qui influent sur les conditions de croissance locales : drainage, irrigation, labour ou travail à bras, sarclages et binages, apport d'amendements et de fumure. Ces attributs sont mesurables à l'échelle d'un individu sans référence faite à l'environnement ou à un autre niveau d'organisation et constituent l'objet d'étude de l'écologie fonctionnelle appliquée à l'archéobotanique ou F.I.B.S.- Functionnal Interpretation of Botanical Surveys (CHARLES et al. 1997). Ainsi, la réalisation de ce travail en collaboration avec des archéobotanistes permet en mobilisant les groupements floristiques des champs cultivés et certains attributs d'apporter un éclairage carpologique sur les pratiques agraires et leurs évolutions.

Inventaire des espèces végétales introduites sur le territoire national : Archéophytes et Néophytes de France (ANF)

Ce volet de ma recherche, s’appuie sur un GdR CNRS. Son objectif est de publier un inventaire de l’ensemble des espèces végétales introduites et sauvages (archéophytes et néophytes) à l’échelle du territoire de la France métropolitaine et de maintenir à jour une base de données rassemblant de nombreuses informations sur chaque taxon (date et mode d’introduction, origine biogéographique, degré de naturalisation, habitats, traits) en collaboration avec l’UMS PATRINAT (CNRS, MNHN, OFB). Croiser les champs de la base de données permet de rechercher et d’identifier des règles générales aux processus d’invasions, et de formuler de nouvelles hypothèses. Rassembler ces données permet de considérer les milliers d’espèces introduites sur la longue durée comme une gigantesque expérimentation où l’on peut mesurer des succès et des échecs à différents stades du processus d’introduction-naturalisation-invasion. Ce GDR réunit 86 scientifiques relevant de différents organismes académiques (CNRS, IRSTEA, INRA, MNHN, des universités, des écoles d’ingénieurs (AgroParisTech et AgroCampus Ouest) ou non académiques (CBN, FCBN, AFB, l’Anses).

The last European old-growth (“subnatural”) fir-BEech forests: a loNg-term and global stuDY for their better understanding, conServation and management (ANR BENDYS)

Ce projet ANR fait suite aux 2 projets précédents FORETEXIL et SAFENATURE qui ont permis de réaliser des missions exploratoires dans les Maramures en Roumanie.

Ce projet est une étude globale à long terme des forêts anciennes pour une meilleure compréhension, conservation et gestion. Les forêts anciennes en Europe représentent moins de 1 % des terres boisées mais sont toujours considérées comme un enjeu majeur pour la conservation de la biodiversité. Ce projet vise à interroger l'état de référence de ces forêts comme base de leur gestion environnementale. Suivant une approche interdisciplinaire basée sur diverses disciplines telles que l'archéologie, la dendrochronologie, la palynologie, l'histoire et l'écologie, il vise à comprendre les trajectoires passées et actuelles de ces écosystèmes en Roumanie et en France.

J’interviens dans la tâche 1 de ce projet (dont je suis co-responsable) en tant que palynologue. Je suis responsable des analyses palynologiques et multi-proxies (micro-charbons, métaux lourds, signal incendie) pour la partie roumaine.

Espèces invasives et pollinisateurs, entre contraintes et potentiels (EI2P)

Ce projet exploratoire porté par Sylvie Guillerme permet de faire travailler ensemble écologie, biologie du comportement des abeilles et géographie sociale au service d’une problématique commune.
Problématique du projet : invasives, et pourtant utiles, comment est abordé ce compartiment de la biodiversité au-delà du discours prônant une irréaliste éradication sans nuance ? Quels regards portent les sciences et la société sur cet apparent paradoxe ? Sur le terrain, quelles sont les perceptions et pratiques des acteurs locaux concernant des espèces qui ont envahi les milieux ? Quelles en sont les caractéristiques écologiques et leurs dynamiques ? Comment se comportent les pollinisateurs face à ces espèces, et en particulier comment les abeilles les perçoivent-elles ? La confrontation des regards (scientifiques versus profanes) proposée dans une perspective socio-spatiale, écologique et éthologique contribuera à éclairer d’un jour nouveau les défis liés aux invasions biologiques et les menaces qui pèsent sur les pollinisateurs.
J’interviens dans ce projet sur les aspects historiques pour comprendre les histoires d’introduction des espèces ciblées par le projet dans le piémont pyrénéens (ex : balsamine de l’Himalaya). Ce travail passe par l’encadrement d’une stagiaire de Master 2 (Morgane Claudel) qui a épluché les archives, herbiers etc. Je participe également aux diverses campagnes de terrain.

THESE

Doctorat en Sciences de la Vie et de l’Environnement de l’Université de Franche-Comté, "Archéophytes et néophytes. Pour une nouvelle détermination des marqueurs polliniques de l'anthropisation. Le cas des milieux cultivés et rudéraux de Franche-Comté", mention très honorable avec les félicitations unanimes (Jury : C. Thebaud, S. Thiébault, T. Tatoni, H. Richard, F. Bretagnolle, D. Galop, S. Riera) - Thèse qualifiée dans les sections 67, 68 et 20

Activités / CV

Cursus
  • 2009- : Maître de Conférences à l’Université de Nantes
  • 2008-2009 : Post-doctorats
  • 2002-2007 : doctorante au laboratoire de Chronoécologie (Université de Franche-Comté)
  • 2001-2002 : DEA « Environnement et archéologie », DEA multi-sceaux des Universités Paris I, Paris VI, Paris X, Besançon, MNHN et INAPG
  • 1999-2000 : Maîtrise de Biologie Cellulaire et Physiologie, mention Biologie générale à l’Université Joseph Fourier (Grenoble 1)

Financements et prix

  • Prix de thèse de la Société Botanique de France 2009
  • Prix de thèse « Sciences de la nature et de la vie » du Groupe de Méthodes Pluridisciplinaires Contribuant à l'Archéologie (GMPCA) 2009
  • 2008-2009 : Post-doctorat international de la Fondation Fyssen (université Babeş-Bolyai, Cluj-Napoca, Roumanie) : « La co-évolution agro-écosystèmes/systèmes sociaux et l’amélioration de sa perception par les disciplines paléoenvironnementales. Etude de cas en Roumanie »
  • Juin-octobre 2008 : Post-doctorat en CDD au sein de l’UMR ArScAn dans le cadre du programme ANR Bioarcheodat
  • 2005-2007 : ATER à l’université de Rouen (laboratoire ECODIV) à temps plein puis mi-temps
  • 2002-2005 : Allocation de recherche doctorale de la région Franche-Comté et vacations

Programmes et groupes de recherche
  • 2019-2022 : membre du projet ANR JCJC BENDYS « The last European old-growth ("subnatural") fir-BEech forests: a loNg-term and global stuDY for their better understanding, conServation and management », porté par Vanessa Py-Saragaglia (UMR GEODE)
  • 2020-2021 : membre du projet CALCISOTOP « Emergence des pratiques d'amendements calcaires dans les agricultures anciennes, approches croisées sur restes carpologique », financé par le CNRS (programme EC2CO) porté par B. Brasseur (UMR EDYSAN)
  • 2019-2021 : membre du projet « Espèces invasives et pollinisateurs, entre contraintes et potentiels » (EI2P), financé par la région OCCITANIE (projets Recherche et Société) porté par S. Guillerme (UMR GEODE)
  • 2016-2019 : co-porteuse du GDR ANF : « Inventaire des espèces végétales introduites sur le territoire national : Archéophytes et Néophytes de France » (Dir. C. Brun et G. Fried, ANSES)
  • 2018 : porteuse du projet MSH-Toulouse SAFE NATURE : « CaractériSAtion diachronique des ForEts séculaires et patrimoNiales des CArpaTes roUmaines pour mieux les géRer et les préservEr »
  • 2017-2018 : membre du projet Défi OASIC : FORETEXIL : « Les vieilles FORETs des Maramures (Carpates orientales) face à l’EXploitation forestière Intensive : plan d'urgence pour une étude gLobale en vue de leur préservation et gestion durable » (dir. V. Py-Saragaglia)
  • 2019-2022, 2014-2018 : membre du GDR CNRS/INEE BIOARCHEODAT - Sociétés, biodiversité et environnement : données et résultats de l'archéozoologie et de l'archéobotanique sur le territoire de la France (dir. J.-D. Vigne, CNRS, AASPE, Paris)
Publications dans des revues à comité de lecture
  • Claudel M., Lerigoleur E., Brun C. & Guillerme S., 2021. Geohistorical dataset of ten plant species introduced in Occitania (France). Phytokeys (en cours de soumission)
  • Fried G., Affre L., Albert A., Bretagnolle F., Cottaz C., Dao J., Decocq G., Dommanget F., Geslin J., Gourvil J., Kessler F., Molina J., Tison J.-M., Toussaint B., Zech-Matterne V. & Brun C. 2021. Réflexions sur la terminologie relative aux espèces introduites : application à l’inventaire des espèces archéophytes et néophytes de France métropolitaine. Comptes Rendus Biologie (en cours de soumission)
  • Brun C., Zech-Matterne V., et al., Brasseur B. 2021. Inferring changes in agricultural soil amendments, from the late Bronze Age until Late Antiquity, in northern France, by investigating the weed flora composition. Environnemental Archaeology (en cours de soumisson)
  • Neveu E., Zech-Matterne V., Brun C. et al., 2021. New insights into agriculture in northwestern France from the Bronze Age to the Late Iron Age: a weed ecological approach. Vegetation History Archaeobotany, 30, pp. 47-61. https://doi.org/10.1007/s00334-020-00817-8
  • Burri S., et. al., Brun C., 2020. Knowledge and conservation of Old-Growth Forests: a key issue to face global changes. The case study of Strâmbu-Băiuț - Maramureş (Eastern Carpathians, Romania) in "Quaderni storici, Rivista quadrimestrale", pp. 369-404, https://www.rivisteweb.it/doi/10.1408/99412
  • Brun C., 2011. Anthropogenic indicators in pollen diagrams in eastern France: a critical review. Vegetation History and Archaeobotany, 20, pp. 135-142.
  • Brun C., 2009. Biodiversity changes in highly anthropogenic environments (cultivated and ruderal) since the Neolithic in eastern France. The Holocene, 19, pp. 861-871.
  • Brun C., Dessaint F., Richard H., Bretagnolle F., 2007. Arable weed flora and its pollen representation: a case study from the eastern part of France. Review of Palaeobotany and Palynology, 146, pp. 29-50.

Actes de colloques à comité de lecture

  • Zech-Matterne V., Brun C., Toulemonde F. et Wiethold J., 2017. Essai d’approche du mode d’exploitation des terres et des pratiques agricoles dans le nord-est de la France, à partir de l'évolution des flores adventices (IIe s. av. J.-C. – Ve s. ap. J.-C.). In: Productions agro-pastorales, pratiques culturales et élevage dans le nord de la Gaule du deuxième siècle avant J.-C. à la fin de la période romaine, Actes de la table-ronde internationale tenue à Paris, Éditions M. Mergoil, pp 63-75
  • Toulemonde F., Zech-Matterne V., Wiethold J., Brun C., Malrain F et Riquier V., 2017. Reconstitution des pratiques agricoles du Ier millénaire a.C. en France orientale, d’après le croisement des données carpologiques et archéologiques. In : Production et Proto-industrialisation aux Âges du Fer. Perspectives sociales et environnementales. Actes du 39e colloque de l'Association Française pour l'étude de l'Âge du Fer, Ausonius Éditions, pp.29-50
  • Zech-Matterne V. et Brun C., 2016. Vers une agriculture extensive ? Etude diachronique des productions végétales et des flores adventices associées, au cours de la période laténienne, en France septentrionale. In: Evolution des sociétés gauloises du Second âge du Fer, entre mutations internes et influences externes, Actes du XXXVIIIe colloque international de l'AFEAF, Revue Archéologique de Picardie, pp. 623-638

Informations complémentaires

Encadrement de travaux de recherches

  • Co-direction de la thèse d'Elsa NEVEU (soutenue le 22/11/2017) avec Véronique Zech-Matterne (UMR 7209, MNHN) et Serge Cassen (Directeur, UMR 6566). Évolution des agricultures dans le Nord-Ouest de la France de l'âge du Bronze à l'époque romaine. Thèse de carpologie réalisée au laboratoire Polen à l'Université de Nantes

J'encadre ou je réalise le tutorat de mémoires de licence 3 et de masters 1 et 2 (de l'université de Nantes ou autre). Ces mémoires sont en rapport direct avec mes thématiques de recherche ou en rapport avec mes compétences d'enseignante (écologie végétale, botanique, écologie des invasions...). Quelques exemples :

  • Encadrement de stage de Master 2 Expert(e) de la transition écologique, démocratique et solidaire, Ecole Supérieure - Sup'Ecolidaire Limonest (Rhône)
Morgane CLAUDEL (2020). Recherche géo-historique de l'introduction des plantes exotiques envahissantes dans les Pyrénées. Stage de 5 mois réalisé au laboratoire GEODE (Toulouse) dans le cadre du projet EI2P
  • Encadrement de stage de Master 1 Ecologie et Gestion de l'Environnement, Rouen
Louison CHARLY (2018). Etude floristique du site archéologique des mottes castrales de Cabanac (Gironde, France). Stage de 2 mois réalisé au laboratoire GEODE (Toulouse)
  • Encadrement de stage de Master 1 STUE parcours Biologie de l'environnement (BE), Nantes

Aurélien BELAUD (2013). Les pratiques agricoles des villages néolithiques lacustres de Chalain et Clairvaux-les-Lacs (Jura) : Apports de l'étude des attributs fonctionnels des adventices. Stage de 3 mois réalisé au laboratoire Polen (Nantes)

  • Direction de mémoires en troisième année de licence SVTE parcours Biologie de l'environnement, Nantes
Morgan MONET--LE LUHANDRE (2017). Relevé Phytoécologique dans le projet CYCAD : Changements et dynamiques de la trame arborée dans une commune de la première couronne périurbaine de Toulouse (de 1950 à aujourd’hui). Stage d'1 mois réalisé au laboratoire GEODE (Toulouse)

Sylvain GAILLARD (2014-2015). Reconstitution paléoenvironnementale par l'étude des pollens. Etude des échantillons d'une tourbière forestière d'Arieeni (Carpates occidentales, Roumanie) : formation à la préparation, l'identification et le comptage des pollens. Proposition de reconstitution de l'environnement d'un site naturel proche de milieux anthropisés de moyenne montagne. Stage d'un an à raison de 1 à 2 heures de présence par semaine.

Arnaud SCHMITT (2010-2011). Reconstitution paléoenvironnementale par l'étude des pollens. Etude des échantillons du site Néolithique de Groh-Collé (Morbihan) : formation à la préparation, l'identification et le comptage des pollens. Proposition de reconstitution de l'environnement d'un site archéologique. Stage d'un an à raison de 2 à 3 heures de présence par semaine.

Aurore De CAUWER (2011). Apprentissage des méthodes carpologiques à partir d'échantillons du site de Rezé. Formation à la reconnaissance des carporestes. Stage de 6 mois co-dirigé avec Elsa Neveu.
 
  • Tutorat de Master 1 STUE parcours Biologie de l'environnement (BE) et Biologie et Gestion de l'Environnement (BGE), Nantes
Azéline BILLY (2015). Contribution à l'étude de la flore des Inselbergs de Madagascar : De l'aperçu systématique au modèle du microhabitat type. Stage de 3 mois réalisé à l'Institut Botanique de l'Université de Rostock.

Catherine BOISSON (2014). Plan de gestion et de restauration de sites naturels. Stage de 3 mois réalisé au bureau d'étude « BIOTOPE » à l'agence Nord-Littoral (Rinxent).

Célie CANEL (2012). La Berce du Caucase (Heracleum mantegazzianum) en Val d'Authie et de Canche. Recensement des populations de Berce, cartographie, préconisation de gestion. Stage de 3 mois encadré par le CPIE Val d'Authie.
 
  • Tutorat de Master 2 STUE parcours Cartographie et Gestion de l'Environnement, Nantes
Kévin GOMAS (2015). Évaluation de l'état de conservation des hêtraies-sapinières des sites Natura 2000 Hautes-Vosges. Stage de 6 mois réalisé au Parc naturel régional des Ballons des Vosges (PNRBV).

Catherine BOISSON (2015). La cartographie et ses plus-values dans les études environnementales. Stage de 6 mois réalisé au bureau d'étude « BIOTOPE » à l'agence Nord-Littoral (Rinxent).

Aurélien BELAUD (2014). Dynamique de colonisation et impact d'Ambrosia psilostachya. Stage de 6 mois réalisé à l'ANSES (Montpellier).
 
  •  Tutorat de Master 2 STUE parcours Cartographie et Bioproduction des Écosystèmes, Nantes
Clément ZAORSKI (2015). Méthode et conception d'un plan de gestion écologique. Etude de cas des plans de gestion du Bois de Séry et des parcelles du marais de Blanche Noë. Stage de 6 mois réalisé au bureau d'étude « SCE Aménagement et Environnement » (Nantes).

Amandine SOULAINE (2011). Élaboration du schéma communautaire de la trame verte et bleue de la communauté d'Europ'Essonne. Développement de l'outil cartographique permettant de proposer la mise en place de trames vertes et bleues. Stage de 6 mois co-dirigé avec le bureau d'étude « BIODIVERSITA » (Paris).

Thimothée TOUZÉ (2011). Bilan des actions d'aménagement « Biodiversité et Paysage » menées dans l'AOC Saumur-Champigny. La création d'un SIG a permis l'étude diachronique de la dynamique de l'occupation du sol et ainsi d'évaluer les politiques de gestion mise en place dans cet espace viticole. Stage de 6 mois à l'ESA d'Angers.
 
  • Direction de Master 2 « Archéologie et Histoire » de l'Université de Rennes 1
Julie DAGUEBERT (2010). Nouvelle lecture paléobotanique et chimique de tissus de l'arc atlantique des époques protohistorique et gallo-romaine. Etude des fibres et des pigments. Encadrement du recueil des données paléobotaniques (carpologiques et polliniques). Stage de 6 mois