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Nantes Université recrute pour son UMR 1064, un-e postdoctorant-e
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Du 18 avril 2024 au 17 mai 2024Campus Centre LoireUFR Médecine, CR2TI UMR1064 - Bd Jean Monnetfalse false
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Contrat Postdoctorant, du 15/06/2024 au 14/06/2025
- Plan d'accès
Postdoctorant - contractuel - CDD 12 mois temps plein
Le CR2TI est une Unité Mixte de Recherche de l’Inserm et de Nantes Université basée sur le campus du CHU de Nantes et le bâtiment IRS2. Il est constitué de 6 équipes de recherche pour un total de 230 personnes (chercheurs, enseignants-chercheurs, cliniciens, étudiants, ingénieurs, techniciens) principalement dédiées au décryptage des mécanismes immunologiques et à l'amélioration du diagnostic et des traitements dans les domaines de la transplantation d’organes, des maladies inflammatoires, auto-immunes et des maladies infectieuses.
L’équipe 1 du CR2TI (Dr F Halary) travaille sur l’exploration d’une pathologie d’étiologie virale dans le rein des patients transplantés par les techniques de transcriptomique spatiale et scRNAseq.
Le plateau technique « single-cell genomics » du CR2TI (supervision : Dr J Poschmann) collabore avec les chercheurs Nantais et propose une panoblie de manipulations de genomique fonctionnelles tel que scRNA-seq, scATAC-seq, spatial transcriptomics, Bulk transcriptomics, ChIP-seq et ATAC-seq. Elle est composée d’une equipe pluridisciplinaire avec des spécialistes de biologie moleculaires, des bio-informaticien et avec access a tous les outils nécessaires, incluant un robot et le Nova-seq (geré par GenoA)
Missions
Nous recherchons un spécialiste en bioinformatique pour rejoindre notre équipe dynamique pour 12 mois. Le candidat retenu sera principalement chargé de l'analyse approfondie de données scRNA-seq et de transcriptome spatial. Bien que nous ayons déjà identifié un profil correspondant étroitement à nos attentes, nous tenons à rester informés des talents disponibles sur le marché. Il sera également responsable du développement de nouvelles méthodologies pour optimiser ces analyses, et de la gestion collaborative de projets avec divers partenaires. Une solide expertise en bioinformatique et une capacité à travailler en équipe sont essentielles.
Activités principales1. Analyse bioinformatiques de données scRNA-seq et transcriptome spacial :
Objectifs opérationnels : Extraire des informations pertinentes à partir de données scRNA-sq et de transcriptome spatial pour comprendre les variations génétiques et les expressions géniques au niveau des cellules individuelles.
Condition d'exercice : utilisation de logiciels spécialisés en bioinformatique tels que Seurat, STAR, ou Cell Ranger. Application de méthodes statistiques pour interpréter les données.
2. Développement de méthodologies scRNA-seq :
Objectifs opérationnels : améliorer et optimiser les techniques existantes de scRNA-seq pour obtenir des données plus précises et fiables. Proposer de nouvelles approches pour l'analyse des données.
Conditions d'exercice : collaboration avec des chercheurs et des bioinformaticiens. Utilisation de langages de programmation tels que Python, ou R pour développer de nouveaux outils ou scripts.
3. Interaction avec collaborateurs, gestion de projet :
Objectifs opérationnels : assurer une communication fluide avec les collaborateurs pour comprendre leurs besoins et leurs attentes. Gérer les prjets de recherche de manière efficace pour respecter les délais et les objectifs fixés.
Conditions d'exercice : participer à des réunions régulières, utiliser des outils de gestion de projet tels que Trello. Capacité à travailler en équipe et à gérer plusieurs projets simultanément.
Date de fin de publication : 18/05/2024
Date des entretiens : semaine 22