Nantes-Université recrute un·e post-doctorant·e MOBILTOX- Laboratoire GEPEA - Nantes

Le GEPEA, Laboratoire de « Génie des procédés, Environnement et Agroalimentaire » est une unité mixte de recherche (UMR 6144) affiliée à 4 tutelles : CNRS, Institut Mines Télécom Atlantique – site de Nantes, ONIRIS et Université de Nantes.

Le GEPEA, classé A+ par l’HCERES (Vague B – Période 2012-2016) puis renouvelé en tant que Laboratoire d’excellence (période 2017-2021), est actuellement composé de 234 personnes dont 77 chercheurs et enseignants-chercheurs, 55 ITA-BIATOSS et 102 doctorants et post-doctorants.

L’UMR est implantée sur 5 sites sur l’arc atlantique Saint-Nazaire / Nantes / La Roche-sur Yon. A Saint-Nazaire, elle occupe 1600 m2 au CRTT et 2500 m2 pour la plateforme R&D AlgoSolis (UMS 3722 CNRS-Université de Nantes). A Nantes, elle occupe 2665 m2, dont 600 m2 pour la plateforme PREVER et 230 m2 pour la plateforme SAFEAIR, à l’Institut Mines Télécom, site de Nantes, 1700 m2 à ONIRIS et 500 m2 à l’IUT de Nantes. A la Roche-sur-Yon, elle occupe 450 m2 au sein de l’IUT. Depuis sa création, les membres du GEPEA ont montré leur capacité à travailler sur des sites distants géographiquement (3 implantations à Nantes, une à Saint-Nazaire et une à La Roche-sur-Yon).

L’UMR associe recherche amont et recherche appliquée afin de développer le Génie des procédés dans les domaines de l'Environnement, de l'Energie, de l'Agroalimentaire et de la Valorisation des Ressources Marines.

Site d’accueil

L’équipe TEAM de la Roche sur Yon est composée de 10 membres et dirigée par le Pr Marie-José Durand-Thouand. Cette équipe est spécialisée dans (i) le développement de bioessais et de biocapteurs pour la détection de polluants dans l’environnement et, (ii) l’évaluation de l’écotoxicité et de la biodégradabilité des molécules et l’étude du devenir des molécules organiques dans l’environnement.

Les travaux menés lors de cette étude seront essentiellement effectués au sein de l’équipe TEAM du laboratoire UMR CNRS 6144 GEPEA sur le site universitaire de la Roche-sur-Yon.

Les unités de traitement des eaux usées (domestiques ou industrielles) sont des procédés stratégiques pour nos sociétés modernes. Au travers de leur fonction de dépollution des eaux usées, elles permettent de limiter l’impact des polluants sur l’environnement et les écosystèmes.

Le fonctionnement de ces unités de traitement s’appuie sur un principe biologique : les polluants sont minéralisés et convertis en biomasse (biodégradation) par l’écosystème microbien présent au sein de ces installations (notamment par des souches hétérotrophes en conditions aérobies). Ainsi, il existe une relation étroite entre la nature des effluents à dépolluer et la composition du microbiome en charge de l’épuration, rendant cet écosystème particulièrement spécifique et efficace.

De nombreuses études se focalisent sur la structure des communautés bactériennes présentes dans ces environnements particuliers. Toutefois, l’effet des populations de virus microbiens (bactériens/mycètes/microalgues) sur les performances épuratoires et sur les capacités de biodégradation de ces procédés reste peu connu.

L’enjeu de ce travail est d’initier une démarche exploratoire dans ce domaine afin de mettre en place des méthodes de criblages des populations virales présents dans ces écosystèmes dans le but d’établir des relations entre communautés de virus microbiens /population microbienne procaryote et eucaryote et performances épuratoires.

• 1. Identifier les populations de bactériophages.

L’enjeu est, au travers de la bibliographie, de proposer et de valider une approche expérimentale visant à caractériser la population de bactériophages présente dans le microbiome d’une station d’épuration des eaux usées domestiques. Les voies d’exploration envisagées s’appuient essentiellement sur des méthodes de criblage moléculaire par des approches de type « micro-array » ou « métagénomique ».

• 2. Etudier des interactions entre bactériophage et populations microbiennes.

Le second volet portera sur le rôle des bactériophages au sein du microbiome. En se focalisant sur les populations phagiques identifiées comme les plus abondantes, l’enjeu est de déterminer la nature des interactions entre ces bactériophages et le microbiome (hôtes des bactériophages, fonctions portées, mode d’action) afin de proposer des hypothèses quant à leur implication dans les process épuratoires.  

• 3. Evaluer l’effet des bactériophages sur les processus de biodégradation.

Le troisième axe principal porte l’évaluation de l’effet de bactériophages sur le processus de dégradation. Pour cela, des molécules organiques spécifiques (plus ou moins facilement biodégradables) seront mis en contact avec des microbiomes simples - bactériophages et hôtes connus et maitrisés – dans le but d’évaluer l’impact de la charge virale sur les capacités de biodégradation des microorganismes dégradeurs tels que des bactéries ou des mycètes.

• Versant : Fonction publique d’Etat
• Type de recrutement : Catégorie A, titulaire ou contractuel-le, CDD 1 an (article 4 .2 Loi 84-16)
• Besoin permanent agent catégorie A
• Localisation :  Equipe TEAM/GEPEA - IUT la Roche sur Yon
• Rémunération :  2870 € (≈2400 € salaire net)
• Formation et/ou qualification :

Le/la candidat.e devra posséder un diplôme de doctorat en lien avec les attendus du projet (écologie microbienne, microbiologie, biologie moléculaire).

Il-elle devra montrer une expertise dans le domaine de l’écologie microbienne spécifiquement associée aux virus des bactéries et des mycètes. Il devra également posséder des compétences techniques avancées en biologies moléculaires et en microbiologie. Des connaissances en biochimie et/ou en métabolomique seront appréciées.

Poste ouvert aux agents susceptibles de se prévaloir d’une priorité légale conformément aux dispositions de l’article 60 de la loi du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l’Etat (sur présentation d’un justificatif).