Personnel de l'université

Frédéric PECORARI

Chargé de Recherche CNRS

Coordonnées

Institut de Recherche en Santé de l'Université de Nantes (IRS-UN) INSERM U1232 - CNRS ERL 6001 - CRCINA Équipe "Recherche en oncologie nucléaire" 8 quai Moncousu BP 70721 44007 Nantes cedex 1 Site web : http://www.crcna.univ-nantes.fr

Tél
0240412851 (n° interne : 312851)
Mail
Frederic.Pecorari@univ-nantes.fr
Site internet
http://intercept.cnrs.fr

Thèmes de recherche

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Nous développons l'utilisation des polypeptides de la famille Sul7d d’archées (telles que Sac7d, Sso7d et plus récemment Aho7c) comme une alternative aux anticorps. Les protéines Suld7d combinent un certain nombre de propriétés favorables à partir desquels des protéines d'affinité artificielles (Affitins) peuvent être obtenues. Les Affitins sont obtenues en couplant l'utilisation de banques combinatoires correspondant à la mutation aléatoire de la protéine parente à une sélection in vitro contre la cible d'intérêt. Les Affitins montrent une affinité et une spécificité qui se comparent bien avec celles des anticorps. Elles sont thermiquement (jusqu'à 90° C) et chimiquement stables (pH, dénaturants), bien exprimées chez Escherichia coli (jusqu'à 200 mg / L). Avec leur repliement en "SH3-like", elles sont structuralement moins complexes que les anticorps classiques et 20 fois plus petites, une taille (7 kDa) compatible avec la synthèse chimique. Nous avons démontré leurs utilisations en tant que réactifs pour diverses applications telles l'inhibition intra-cellulaire, l’immunolocalisation, les puces à protéines, les biocapteurs, la chromatographie d'affinité et la capture par billes magnétiques. Nous avons aussi décrit au niveau structural la capacité des Affitins à inhiber des activités enzymatiques. Nous étudions maintenant leur utilisation pour des applications biomédicales où une adaptation fine des propriétés des réactifs d'affinité est nécessaire.
 

Informations complémentaires

Méthode de génération des Affitins :

Demande de brevet PCT/IB2007/004388
Inventeurs : Frédéric Pecorari et Pedro Alzari (Institut Pasteur / CNRS)

       














Publications scientifiques associées aux Affitins :

A novel, smaller scaffold for Affitins: Showcase with binders specific for EpCAM
Kalichuk V, Renodon-Cornière A, Béhar G, Carrión F, Obal G, Maillasson M, Mouratou B, Préat V, Pecorari F.
Biotechnol Bioeng. 2017 Oct 4. doi: 10.1002/bit.26463

The archaeal "7kDa DNA-binding" proteins: extended characterization of an old gifted family
Kalichuk V, Béhar G, Renodon-Cornière A, Danovski G, Obal G, Barbet J, Mouratou B, Pecorari F.
Sci Rep. 2016 Nov 17;6:37274. doi: 10.1038/srep37274

Affitins for protein purification by affinity magnetic fishing
Fernandes CS, Dos Santos R, Ottengy S, Viecinski AC, Béhar G, Mouratou B, Pecorari F, Roque AC.

J. Chromatogr. A. 2016 Jun 7;S0021-9673(16)30779-8

Affitins as robust tailored reagents for affinity chromatography purification of antibodies and non-immunoglobulin proteins
Béhar G, Renodon-Cornière A, Mouratou B, Pecorari, F.
J. Chromatogr. A. 2016 Apr 8;1441, 44-51

Artificial Affinity Proteins as Ligands of Immunoglobulins
Mouratou B, Béhar G, Pecorari F.
Biomolecules. 2015 Jan 30;5(1):60-75

Switching an anti-IgG binding site between archaeal extremophilic proteins results in Affitins with enhanced pH stability
Béhar G, Pacheco S, Maillasson M, Mouratou B, Pecorari F.
J. Biotechnol, 2014, Dec;192, Part A(0):123-9

Affinity transfer to the archaeal extremophilic Sac7d protein by insertion of a CDR
Pacheco S, Béhar G, Maillasson M, Mouratou B, Pecorari F.
Protein Eng Des Sel. 2014 Oct;27(10):431-8

Potent and specific inhibition of glycosidases by small artificial binding proteins (Affitins)
Correa A, Pacheco S, Mechaly AE, Obal G, Béhar G, Mouratou B, Oppezzo P, Alzari PM, Pecorari F.
PLoS One. 2014, 9(5):e97438

Tolerance of the archaeal Sac7d scaffold protein to alternative library designs: characterization of anti-immunoglobulin G Affitins
Behar G., Bellinzoni M., Maillasson M., Paillard-Laurance L., Alzari P.M., He X., Mouratou B. and Pecorari F.
Protein Eng Des Sel. 2013 Apr;26(4):267-75

Engineering of a phosphorylatable tag for specific protein binding on zirconium phosphonatebased microarrays
Cinier M, Petit M, Pecorari F, Talham DR, Bujoli B, Tellier C
J Biol Inorg Chem. 2012, 17(3):399-407

Reagentless fluorescent biosensors from artificial families of antigen binding proteins
Miranda FF, Brient-Litzler E, Zidane N, Pecorari F, Bedouelle H
Biosens Bioelectron. 2011, 26(10):4184-90

Bisphosphonate adaptors for specific protein binding on zirconium phosphonate-based microarrays
Cinier M, Petit M, Williams MN, Fabre RM, Pecorari F, Talham DR, Bujoli B, Tellier C
Bioconjugate Chemistry. 2009, 20(12): 2270-7

Type II secretion system secretin PulD localizes in clusters in the Escherichia coli outer membrane
Buddelmeijer N, Krehenbrink M, Pecorari F, Pugsley AP
J Bacteriol. 2009, 191(1):161-8

Artificial binding proteins (Affitins) as probes for conformational changes in secretin PulD
Krehenbrink M, Chami M, Guilvout I, Alzari PM, Pecorari F, Pugsley AP
J Mol Biol. 2008, 383(5):1058-68

Remodeling a DNA-binding protein as a specific in vivo inhibitor of bacterial secretin PulD
Mouratou B, Schaeffer F, Guilvout I, Tello-Manigne D, Pugsley AP, Alzari PM, Pecorari F
Proc Natl Acad Sci U S A. 2007, 104(46):17983-8