L'arrêté du 7 août 2006 relatif à la formation doctorale  fixe les nouvelles règles régissant les écoles doctorales, les modalités de délivrance du diplôme de doctorat.

Les grands objectifs de cette formation doctorale sont consignés dans les contrats quadriennaux signés entre le Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR) et leurs établissements de l'Académie de Nantes (Universités de Nantes, d'Angers et du Mans et l'Ecole Centrale de Nantes), actant la création de 8 écoles doctorales dans l'académie, resserrés thématiquement par rapport à l'offre précédente, en parfaite adéquation avec les pôles de recherche d'excellence et ouvertes à des établissements autres que ceux du MESR. Ce contrat acte aussi la possibilité de créer sur chacun des 3 sites universitaires un collège doctoral.

Cette formation doctorale déployée à l'échelle régionale est un des éléments gérés par le Pôle de Recherche et d'Enseignement Supérieur : le PRES LUNAM.

Les règles régissant le fonctionnement de la formation doctorale (écoles doctorales et collège doctoral) ont été fixées dans la Convention entre établissements co-accrédités signée entre l'ensemble des établissements co-accrédités.

Les règles régissant les droits et devoirs des doctorants et de leurs encadrants dans le cadre de leurs institutions sont par ailleurs fixées dans la Charte des Thèses qui est commune à l'ensemble des établissements co-accrédités de l'Académie.