• Le 15 mai 2014

Un projet régional interdisciplinaire a été mis en place pour fédérer la recherche en bioinformatique en Pays de la Loire. Impliquant six laboratoires de l’Université de Nantes, le projet GRIOTE a pour objectif d’accélérer la recherche en biologie, et ce par un traitement informatique à grande échelle des données. Le projet pourrait permettre des avancées scientifiques importantes dans divers domaines comme par exemple en santé avec la médecine personnalisée, et en agronomie.

Les nouvelles technologies sont en passe de révolutionner la recherche en biologie et de résoudre les problèmes scientifiques qui se posent. Depuis quelques années, la bioinformatique permet en effet d'intégrer et de traiter de gros volumes de données et de répondre plus rapidement et efficacement aux enjeux actuels. "L'émergence de ce domaine interdisciplinaire qui implique à la fois des biologistes, des médecins, des informaticiens ou des mathématiciens, a permis de mettre à jour de nouvelles connaissances, de mettre en place de nouvelles façons de faire de la recherche en créant des passerelles entre différents domaines", explique Jérémie Bourdon, chargé du projet GRIOTE et maître de conférences à l'Université de Nantes. En Pays de la Loire, la structuration de ce domaine de recherche est en marche en associant 13 laboratoires de recherche autour d'un vaste projet régional.

  • Des modèles informatiques pour accélérer la recherche
S'inscrivant en parfaite adéquation avec la politique de recherche initiée par l'Université de Nantes et notamment sa volonté de développer l'interdisciplinarité, le projet permet aujourd'hui de développer des axes de recherche novateurs et de manière transversale, notamment dans le domaine de la santé, du végétal et de la mer. A titre d'exemple, depuis quelques mois, l'institut du thorax (UMR 1087) et le Laboratoire d'Informatique Nantes Atlantique (LINA) travaillent conjointement dans le cadre de ce projet sur le traitement du dérèglement des cellules cardiaques. "La bioinformatique va permettre d'accélérer la recherche et de donner des réponses plus précises aux questions que l'on se pose : qu'est ce qui dérègle les cellules ? Quels sont les gènes impliqués et pourquoi ?", explique Jérémie Bourdon.

Grâce aux connaissances et données régulièrement fournies par l'institut du thorax, le LINA va construire plusieurs modèles informatiques reproduisant plusieurs scénarios. "A partir des milliers de gènes à disposition et des centaines de modèles créés par l'informatique, nous allons voir quelles sont leurs limites, jusqu'où ça peut marcher et déterminer ainsi les gènes précurseurs du dysfonctionnement des cellules." D'autres projets du même type sont également en cours d'élaboration, dans le domaine des énergies marines renouvelables notamment. Un projet, mené en lien avec l'Ifremer, devrait permettre la création de biocarburant à partir de phytoplancton.

  • Une recherche à la frontière de la science-fiction
A plus long terme, la bioinformatique permettra peut-être d'aller encore plus loin et de développer des projets qui relèvent presque aujourd'hui de la science-fiction. "Les possibilités offertes par l'informatique permettent déjà de répondre à de nombreux problèmes et à de nombreuses questions", explique Jérémie Bourdon. "Mais grâce aux modèles informatiques que nous pouvons développer, il sera par exemple peut-être un jour possible de prédire et corriger des pathologies avant même qu'elles ne se déclarent." Lancé en 2013 le projet GRIOTE est programmé pour une durée de quatre ans, jusqu'en 2017.