Le Président, élu pour 4 ans à la majorité absolue des membres élus du CA, dirige l'université. Il est assisté des vice-présidents siégeant au sein du bureau composé de membres élus sur sa proposition, de chargés de missions, d'un secrétaire général, responsable de la gestion, d'un agent comptable.

A l'Université, le pouvoir législatif est excercé par les conseils centraux :le Conseil d'Administration, le Conseil Académique, la Commission Recherche ainsi que la Commission Formation et Vie Universitaire, la Commission Recherche dont les membres sont élus par la communauté universitaire. Ces conseils sont présidés par le président de l'Université.