Depuis 1969, l'Université de Nantes a été dirigée par huit présidents et un administrateur provisoire. Dans l'ordre chronologique, se sont succédés :

Jean Pierre KERNEIS
Doyen de la faculté de Médecine, président du 28 janvier 1971 au 17 mars 1975.
Loic SPARFEL
Doyen de la Faculté de Pharmacie, président du 9 avril 1975 au 1er janvier 1979.
Jacques VILAINE
Directeur de l'ENSM, président du 12 janvier 1979 au 12 janvier 1984, puis administrateur provisoire du 13 janvier 1984 au 1er juillet 1985.
 Paul MALVY
Doyen de la Faculté de Médecine, administrateur provisoire du 4 juillet 1985 au 26 février 1988.
Serge RENAUDIN
Doyen de la Faculté des Sciences, président du 26 février 1988 au 2 septembre 1992.

Jacques-Henri JAYEZ
Directeur de l'IUT, président du 2 octobre 1992 au 2 octobre 1997, puis administrateur provisoire du 3 octobre 1997 au 23 octobre 1997.
Yann TANGUY
Professeur de Droit Public à la Faculté de Droit, président du 24 octobre 1997 au 23 septembre 2002.
François RESCHE
Professeur des Universités - Praticien Hospitalier (neurochirurgien). Il a été élu Président de l'Université de Nantes le 24 septembre 2002 et occupe cette fonction jusqu'en 2007.
Yves LECOINTE
Professeur des Universités - Département Thermique énergétique (Polytech'Nantes).
Président de l'Université de Nantes de mars 2007 à mars 2012.
 
Olivier LABOUX
Actuel président de l'Université de Nantes.
Ce professeur des universités en odontologie a été élu le 30 mars 2012 et réélu le 31 mars 2016 à la présidence de l'Université de Nantes .