L'Université de Nantes inscrit le développement de sa recherche dans une démarche partenariale amplifiée avec les grands organismes scientifiques (CNRS, INSERM, INRIA, INRA, IFREMER, CHU de Nantes).

Cette dynamique partenariale s'est concrétisée dans le cadre des "Investissements d'Avenir" avec la labellisation de 10 projets de Labex, dont 2 portés (IGO, IRON), 3 Equipex, 4 infrastructures nationales en biologie santé, un démonstrateur préindustriel en biotechnologie, un Institut de Recherche Technologique (IRT Jules Verne), et un Institut Hospitalo-Universitaire prometteur (IHU).

L'ensemble de ces projets conduit l'université à intégrer la dimension régionale du PRES L'Université Nantes Angers Le Mans (PRES l'UNAM) et à élargir ses collaborations et ses complémentarités dans le cadre interrégional, avec le PRES Université Européenne de Bretagne  et plus spécifiquement les universités de Rennes. Ainsi, les deux PRES portent en commun la SATT Ouest Valorisation, dotée de 70 millions d'euros.

Pluridisciplinaire, l'Université de Nantes concentre ses activités de recherche sur 3 domaines scientifiques :

• Lettres, langues, sciences humaines et sociales,
• Sciences de la vie - santé,
• Sciences - technologies

7 pôles thématiques, porteurs d'excellence, et 3 pôles interdisciplinaires ont été mis en place pour faciliter les actions communes et faire émerger, au niveau régional et interrégional, des thématiques de visibilité internationale et correspondant à celles des Ecoles Doctorales du PRES l'UNAM :

• Mer et littoral,
• Qualité de vie, bien-être, lien social, risques et responsabilités, culture et patrimoine,
• Energies renouvelables, environnement et développement durable

L'Université de Nantes est également support de 4 écoles doctorales adossées à ses principaux pôles d'excellence, sur 8 écoles, toutes de dimension régionale. Elle conforte ainsi sa politique doctorale par un partage des objectifs en termes d'attractivité nationale et internationale, de qualité des recrutements, d'encadrement et de durée des thèses, et de suivi et de l'insertion professionnelle.

Dans le cadre du contrat quinquenal 2012-2015, l'Université de Nantes soutiendra de manière prioritaire les partenariats institutionnels en Europe et, à l'international, dans quelques zones géographiques privilégiées.

Elle poursuivra sa participation active à la mise en place de programmes de recherche internationaux et de laboratoires internationaux mixtes ainsi qu'à la mobilité des enseignants-chercheurs dans le cadre de projets de recherche, de colloques ou de séminaires internationaux. Enfin l'Université de Nantes poursuivra sa politique de préservation du patrimoine scientifique et de diffusion de la culture scientifique et technique.